漱口水可以幫助我們清新口氣，飯後使用還有去除殘渣的作用，保持口腔乾淨。不過漱口水裏面添加的一些殺菌成分會連有益菌羣也一起殺掉，所以是不建議長期頻繁使用的，不然容易出現破皮、潰瘍的情況。日常漱口水最好還是每隔一兩天使用一次，或者短期內天天使用。
漱口水含有氯己定試劑。這種藥劑有很強的作用，但它不區分有益菌和有害菌。因此，這種無差別、不敏感的作用會破壞口腔健康，造成口腔健康保護的喪失。
口腔內的有益菌能分泌足夠的亞硝酸鹽成分。這一成功對人類健康有着非常重要的影響。能有效調節血管健康，促進血管擴張，從而保護心臟。但是，如果每天用漱口水漱口的習慣破壞了口腔中的這種功能，身體很容易失去這種健康調節功能，更容易讓人患上心臟病和中風。
長期使用漱口水會造成口腔菌羣失調，而漱口水中含有大量刺激性成分，這些成分主要是指酒精等化學成分，如果口腔長期受到這些成分的刺激，很容易導致口腔黏膜。破壞導致味覺減弱、唾液分泌減少等症狀，長期易導致口腔疾病甚至口腔癌。
如果是一些商店買的保健漱口水，可以一段時間內天天用，或者每週三四次，以免造成口腔菌羣失調，吃完飯後漱口，或者刷牙後漱口都可以。如果是消炎漱口水，可以使用 1 到 2 周具體按照説明書來使用比較好，每次刷牙後含在嘴裏 3 到 5 分鐘。
健康人長期使用漱口水會使口腔內的正常菌羣失調，造成黏膜破潰、脱皮，甚至壞死。嚴重者可形成多處潰瘍。
長期使用含有洗必泰的治療性漱口水，還容易弄髒牙齒表面和口腔黏膜，降低味蕾味覺，抑制唾液分泌，導致口乾、灼痛等不適症狀。因此，藥用漱口水需要在醫生指導下有選擇地使用，不能長期單獨使用。
刷牙的主要目的之一是去除附着在牙齒表面的牙菌斑。在這個過程中，最重要的作用是牙刷的物理摩擦。漱口水不能進行這種摩擦，因此不能去除牙菌斑。牙菌斑是非常有害的，會導致蛀牙，或牙周病、牙齦炎，所以去除牙菌斑是最重要的。從健康的角度來説，一天刷兩次牙就夠了，但前提是要有效刷牙，保持牙刷清潔。
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