公路局和交通運輸局區別還是挺大的。
第一，機構性質區別。交通運輸局是行政機關，在編人員使用行政編制即公務員。公路局在2018年黨政機構改革前多數為參照公務員管理事業單位，改革後除少數保留參公或轉行政外，其餘絕大多數公路局均剝離行政職責轉公益類事業單位，更名為“公路事業發展中心”，不再保留“事業局”列入公務員法管理，原有人員保留參公身份和待遇過渡消化，新錄用人員全部按照新的三定使用普通事業編制，不再通過公務員考試招錄，改由事業單位統考進人。一個是公務員，一個是事業編，前者比後者多了車補、年終績效等福利，收入遠超於後者，可想而知兩者差距。
第二，管理方式不同。交通運輸局作為地方政府組成部門，人財物歸屬地方政府，由地方政府按照實際需要統籌管理。公路局雖然由局改中心，可其垂直管理的特性沒有改變，市縣兩級公路局的管理權限仍在省級公路事業發展中心，人財物不受地方節制。這是全國多數情況。不過仍由部分省市將公路事業發展中心整合進入交通運輸局，作為其二層機構管理，管理權限自然由垂直轉地方。
第三，主體職責不同。公路局（公路事業發展中心）主要負責國道、省道的修建和維護工作，交通運輸局則負責農村道路和城市道路（部分由住建局或城管委負責）的修建和維護工作，除此之外，交通運輸局還要負責水路、鐵路等交通管理工作。在職責上，交通運輸局相對繁重和複雜，職責任務壓力更大，而公路局相對單一，特別改革後，行政執法職責歸口交通運輸局，公路事業發展中心更多責任集中在道路養護上，職權較之以往有所收縮，已經不像過去那麼吃香，而交通運輸局因為集運管、道路規劃和建造、行政執法等職能於一身，職權相較過去不降反升，越來越吃重。這是公路局和交通運輸局改革前後比較明顯的變化。
交通運輸局和公路管理局最大的區別是交通運輸局是政府的行業主管部門，公路管理局是主要從事公路行業技術性，事務性工作的事業單位。交通運輸局是各級人民政府的組成部門之一，屬於公務員序列，負責交通運輸行業的管理工作而各地公路管理局大多數是事業單位，部分地方的公路管理局實行了參公管理，在行政上是隸屬交通運輸局管理，最新一輪機構改革中，公路管理局大多改為公路事務中心。
交通運輸局是專門負責城市的各種物資的運輸，主要指汽車運輸。船舶運輸有專門的航運公司管理。交通運輸屬於交管局管理，裝卸公司都是他的管轄範圍。公路管理局是專業負責公路的建設和養護。公路設施的監測監控和公路的維護是很重要的。
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