控制系統是衞星在天上保持正確軌道、正確姿態的總指揮。它能實時蒐集衞星的軌道和姿態信息,一旦發現異常,就指揮衞星迴到正常狀態,北斗3號的控制系統能通過綜合電子分系統和衞星敏感器執行機構交換信息並控制執行機構動作,完成衞星從星箭分離、在軌運行直至壽命末期,各階段的姿態控制和軌道控制。
同時該系統還賦予了衞星一定的完全自主運行能力,即使地面測控站出現故障,他們也能在軌正常工作至少60天,這大大減少了衞星對地面站的依賴,實現了“可視”範圍外的衞星控制,也降低了系統運行的管理成本。