最後一戰過後,在塞勒斯·伯格的引導下,幻影忍者城變成了——新幻影忍者城!這裏全是機器,而復活的黑暗之主卻再次控制了新幻影忍者城,忍者能否拯救大家呢
吳大師為了解救人們,自己卻被黑暗之主改造,變成了吳魔王,最後回覆原樣。並且由機器忍者——贊與黑暗之主一起滅亡。