結局：帥家默恢復記憶，程仁清迷途知返。
《顯微鏡下的大明》落腳“絲絹案”，通過算學天才帥家默抽絲剝繭，一步步將真相解開。在這個過程中，塑造出了豐碧玉、程仁清、範淵、豐寶玉等一眾角色，共同組建這部劇的整體脈絡。
《顯微鏡下的大明》還在更新中，沒有大結局。
《顯微鏡下的大明》由《學霸必須死——徽州絲絹案始末》《筆與灰的抉擇——婺源龍脈保衞戰》兩個故事組成。其中前者主要講述了萬曆年間，一項不公正的税收政策在徽州府引發了曠日持久的混亂，這是一場亂民、縣官、州府、户部、首輔、皇帝等諸多利益集團的博弈之局。而“龍脈保衞戰”涉及的則是江西婺源縣一場持續了六十四年的經濟爭端，反映了一個縣級官員，是如何在重大議題上平衡一縣之利害的。
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