區別在於各種建造和生產單位的不同，劇情不同。紅警98是紅警95的升級版，增加了許多的建築單位，防禦單位，進攻單位和兵種單位，豐富了玩法，重點是對紅警95未完成的劇情經營了補充。
紅警95又名紅警一，紅警98是基於紅警95的資料片“劫後餘生”修改出來的mod，所以兩者是原版與mod的關係
紅警98是一個成功的mod，它讓紅警95的玩法更加多樣，同時也增加了一些新功能。它讓國內的網友間接的接觸了紅警95，這款mod也是許多玩家在網吧裏的回憶
紅色警戒95和紅色警戒98遊戲開發引擎用的都是同一款引擎，畫面效果完全一樣，98更像是95的加強版，98裏增加了不少的東西，比如原子彈車，沙蟲，98沒有紅警95的火焰防禦塔和火焰噴射兵. 但是就平衡性來講個人感覺95要比98好點. 至於劇情也不同，98多一個劇情.
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