省直管縣跟縣級市在行政級別上一樣，他倆的區別在於政策開發優先權不一樣，省直管縣一般都會優先進行試點，而縣級市會在試點成功後緊接着推行。
省直管縣與縣級市的主要區別是，管理機構不同，省直管縣的直接管理者為省政府，縣級市的直接管理者為上級地級市。再就是人事權不同。
1、領導和管理機構不同。
省管縣的領導和管理機構是由所在的省級行政區直接領導和管理。市管縣是由所在的市級行政區領導和管理的。
2、出現的淵源不同。
省管縣出現的淵源是依據於《中華人民共和國憲法》所規定的，即我國應當實行“省級、縣級和鄉級”三級行政區劃。市管縣出現的淵源在建國前即有案例，50年代末達到第一次高潮，60年代初開始回落，70年代又逐漸復甦。從1982年開始，我國又掀起新一輪的市管縣體制改革浪潮。
3、規模不同。
省管縣當前在我國出現的規模屬於少數，僅河南省、湖北省、海南省和新疆維吾爾自治區有省（自治區）直轄縣級行政單位。市管縣體制已成為我國大多數地區的行政區劃體制。
4、權限不同。
部分地區的省直管縣是由省、自治區政府賦予縣（市、區）財政自主權或享有其他社會管理權利。市管縣一般是由所在行政區劃內的市級行政單位賦予對應的權利。
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