“敦煌”一詞,最早見於《史記·大宛列傳》中張騫給漢武帝的報告,説“始月氏居敦煌、祁連間”,公元前111年,漢朝正式設敦煌郡。古代人一般用漢語字面意義來解釋“敦煌”地名,如東漢應邵注《漢書》中説“敦,大也。煌,盛也。”唐朝李吉甫編的《元和郡縣圖志》進一步發揮道:“敦,大也。以其廣開西域,故以盛名。”
但現代大多數學者認為“敦煌”的詞源不是漢語。一般認為,《山海經》中記載的“敦薨”即是敦煌最早的稱呼,而“敦薨”或敦煌是當地少數民族語言的漢語音譯,至於是哪個民族,則是眾説紛紜。