惠州平潭機場就1座航站樓。頂部是代表惠州市花三角梅的“三角薄殼”結構,牆面則是各種角度拼接起來的白色三角模塊。航站樓一層被分隔成出發大廳和候機室出發大廳分為三個區,中間是國內出港大廳、右側為國內到港大廳、左側單獨入口是頭等艙候機室。候機室旁邊橫豎分排設有174個座位,座位兩旁有兩個登機口玻璃門外即為停機坪,共有4個停機位一字擺開。
2017年8月30日,惠州平潭機場視頻監控系統具備高清數字化、技術國產化、覆蓋全面化以及應用智能化和雲存儲系統(存儲期90天)特點增加人臉識別功能,可實現機場安檢部門與公安系統的聯動增加機坪監控功能,實現機坪全景可視、細節調取和區域告警等。
2018年11月17日,惠州平潭機場新航空貨運站啟用,總面積1800平方米、設計年貨物吞吐量2萬噸。