瓊州海峽海流受季風影響很大。冬季盛行東北風,海流由東北往西南流,其中東部表層流由東往西流,西部表層流由東北往西南流。
春季風向變動較大,偏東風相對佔優勢,這時的海流主要由東南往西北流。夏季主要受東南風和西南風控制,吹東南風時,海流由東往西北流吹西南風時,海流由西往東流。秋季大部分時間受東北季風影響,海流由東往西流去。
所以瓊州海峽的海流除6、7月外,其餘時間均由東向西流動,東流流速大,西流流速小,但東流時間短,西流時間長。海峽海流湍急,最大流速可達2.55米/秒~3.06米/秒,海峽南岸的沿岸表層海流,西向流為0.6米/秒,東向流為0.82米/秒。