深圳市寶安區公共衞生服務中心設4個內設機構,分別為:綜合部、社區健康部、衞生健康應急部、家庭發展與婦幼保健部。
下設10個分支機構,分別為:
深圳市寶安區公共衞生服務新安分中心、
深圳市寶安區公共衞生服務西鄉分中心、
深圳市寶安區公共衞生服務航城分中心、
深圳市寶安區公共衞生服務福永分中心、
深圳市寶安區公共衞生服務福海分中心、
深圳市寶安區公共衞生服務沙井分中心、
深圳市寶安區公共衞生服務新橋分中心、
深圳市寶安區公共衞生服務鬆崗分中心、
深圳市寶安區公共衞生服務燕羅分中心、
深圳市寶安區公共衞生服務石巖分中心。