一、營養問題
土壤肥力不足，如氮肥施用過多，土壤缺磷缺硼等，使肥料施用不平衡，各種養分供應不協調，營養生長和生殖生長失去平衡，會使辣椒花果因其養分不足或營養紊亂引起落花落果。正常情況下多為花柱高出花葯的長柱花，在營養不良時短柱花增多短柱花授粉不良時落花率高。弱苗定植後管理跟不上，後期果實的膨大受到抑制，往往形成小果、僵果，嚴重時落果。
二、氣候問題
由於氣温變化較大，處於不穩定的狀態，開花坐果期的辣椒容易受到環境條件的影響，從而導致落花落果。辣椒喜空氣乾燥而土壤濕潤的環境，比如氣温偏高(超過35度)，即影響授粉、受精，或遇到較長時間陰雨天，使光照不足，温度下降(低於15度)，都會影響授粉及花粉管的伸長，導致落花。不良的氣候條件會影響辣椒正常生長，導致根系的生理機能下降。
三、肥害問題
化肥在辣椒苗期或生長期施用過多或過於集中，肥水不能相結合，肥料不能很好地溶解和吸收，導致燒傷根系而造成落花落果。施用了未充分腐熟的有機肥，尤其是未發酵的雞糞，就會造成燒根或漚根，則水分、養分不能正常供應，也會引起落花落果。
四、病蟲問題
辣椒病蟲害由病蟲危害引起，如辣椒發生病毒病、炭疽病、葉枯病、瘡痂病、細菌性葉斑病等危害嚴重的容易導致落花落果。
蚜蟲是病毒病傳播的主要途徑，感染病毒病後常出現死頂現象，造成落花落果。煙青蟲、棉鈴蟲蛀果也易造成果實脱落。
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