頭領有：
張角、張樑、張寶
自稱神上使的：張曼成（領導南陽地區）後繼領導人：趙弘、韓忠、孫夏
波才、彭脱：豫州區黃巾軍首領
卜己：青州區黃巾首領
北海管亥、廖化、周倉、程遠志、鄧茂、裴元紹、劉闢、龔都、何儀、何曼。
張牛角、張燕（黑山軍先後兩任首領）：黑山、黃龍、白波、左校、郭大賢、於氐根、青牛角、張白騎、劉石、左髭丈八、平漢、大計、司隸、掾哉、雷公、浮雲、飛燕、白雀、楊鳳、於毒、五鹿、李大目、白繞、畦固、苦唒
主要首領是張角，張樑，張寶三兄弟。
張角自稱天公將軍，黃巾軍奉其為太平天師。剩下的其他小頭目，還有馬元義，程遠志等。起義經過了幾年的時間就被漢朝官軍鎮壓了，這些頭領也都相繼死去。但是仍有許多散兵遊勇流竄在各地，當時漢王朝中央軍已經精疲力盡，無力管轄。智能把軍權下放給各州郡的長官，讓他們繼續鎮壓各地叛亂。後來書中描寫過劉備支援過孔融，在荊州領軍鎮壓叛亂等。曹操也收服了一支黃巾軍，也就是後來的青州兵。關羽過五關斬六將時候收服的周倉也是當初的黃巾軍。
黃巾起義的領袖張角，冀州鉅鹿（今河北平鄉西南）人，太平道的首領，自稱“大賢良師”，以傳道和治病為名，在農民中宣揚教義，進行祕密活動。10餘年間，徒眾達10萬，遍佈青、徐、幽、冀、荊、揚、兗、豫八州，分為36方，大方萬餘人，小方六七千人，眾達數十萬人。
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