氫鍵不同於範德華力，它具有飽和性和方向性。由於氫原子特別小而原子A和B比較大，所以A—H中的氫原子只能和一個B原子結合形成氫鍵。同時由於負離子之間的相互排斥，另一個電負性大的原子B′就難於再接近氫原子，這就是氫鍵的飽和性。
氫鍵具有方向性則是由於電偶極矩A—H與原子B的相互作用，只有當A—H…B在同一條直線上時最強，同時原子B一般含有未共用電子對，在可能範圍內氫鍵的方向和未共用電子對的對稱軸一致，這樣可使原子B中負電荷分佈最多的部分最接近氫原子，這樣形成的氫鍵最穩定
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