1、政府部門實施信用聯合懲戒。被列入經營異常名錄的企業在申請辦理各類登記備案事項、行政許可審批事項和資質審核、從業任職資格等有關事項時，行政管理部門將予以審慎審查。同時，根據《企業信息公示暫行條例》的相關規定，各級政府部門在政府採購、工程招投標、國有土地出讓、授予榮譽稱號等工作中，對被列入經營異常名錄的企業依法予以限制或者禁入。
2、平時的經營活動會受到限制。經營異常名錄信息已被銀行等金融機構作為借款、保證、保險等商事活動的參考依據。對被列入經營異常名錄的企業，金融機構可能因此而不受理其銀行開設賬户、借款等業務。
3、信用有疑慮可能會致交易相對方拒絕合作。市場交易相對方在選擇交易對象時，也對被列入經營異常名錄的商事主體進行更為嚴格的審查，甚至取消與其進行的合作。
4、載入滿三年列入嚴重不合法企業名單。按照法律規定，被列入經營異常名錄滿3年仍未履行信息公示義務的企業，將被列入嚴重不合法企業名單，並通過公示系統向社會公示。被列入嚴重不合法企業名單是經營異常名錄狀態持續的結果，是更嚴重的失信行為，將受到全社會更為嚴厲的懲戒。
5、企業負責人任職將會受到限制。根據法律規定，被列入嚴重不合法企業名單的企業法定代表人(負責人)、董事、監事、高管的相關信息將納入信用監管體系，任職資格相關事項受到限制，三年內不得擔任其他商事主體的董事、監事及包括經理、副經理、財務負責人、上市公司董事會祕書等在內的高級管理人員。
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