區別如下：
1、開發者區別：MP4視頻格式是由MPEG（Moving Picture Experts Group，動態圖像專家組）開發，而MKV則是由CoreCodec Inc開發。
2、支持的視頻格式區別：MP4支持MPEG-2 Part 2， MPEG-4 ASP， H.264/MPEG-4 AVC， H.263， VC-1， Dirac等格式MKV則支持任何格式。
3、支持的音頻格式區別：MP4支持MPEG-2/4 (HE)-AAC， MPEG-1/2 Layers I， II， III (MP3)， AC-3， Apple Lossless， ALS， SLS， Vorbis等格式，MKV則支持任何格式。
4、支持的移動設備區別：MP4支持所有的移動設備（蘋果，安卓，索尼和微軟等），而MKV則幾乎所有移動設備都不支持。
區別是指代不同和編碼不同和特點不同。
一、指代不同1、mp4：是一套用於音頻、視頻信息的壓縮編碼標準，由國際標準化組織（ISO）和國際電工委員會（IEC）下屬的“動態圖像專家組”制定。2、mkv：是一種開放標準的自由的容器和文件格式，是一種多媒體封裝格式，能夠在一個文件中容納無限數量的視頻、音頻、圖片或字幕軌道。
二、編碼不同1、mp4：對於不同的對象可採用不同的編碼算法，從而進一步提高壓縮效率對象各自相對獨立，提高了多媒體數據的可重用性允許用户對單個的對象操作，提供前所未有的交互性2、mkv：對於攜帶了音頻、字幕的視頻文件是對於3D立體影像視頻是3D對於單一的純音頻文件是對於單一的純字幕文件是。
三、特點不同1、mp4：是一個公開的平台，各公司、機構均可以根據MPEG-4標準開發不同的制式，因此市場上出現了很多基於MPEG-4技術的視訊格式，例如WMV 9、Quick Time、DivX、Xvid等。2、mkv：能容納多種不同類型編碼的視頻、音頻及字幕流，甚至囊括了RealMedia及QuickTime這類流媒體，可以説是對傳統媒體封裝格式的一次大顛覆。
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