混線生產運行形式與傳統的生產組織相比，在機制、技術等方面具有更高程度的複雜性，具體如下：
（1）效率與柔性兼顧的矛盾問題
對具有一定批量的產品，其理想運行形式是剛性的專業化流水生產線，能夠發揮批量生產優勢並實現效率上的提升而對於單件小批的產品，其理想運行形式是機羣式佈局基礎上的離散型製造業，強調對多品種的適應性，追求的是柔性。因此，效率與柔性兼顧是混線生產的基礎矛盾。
（2）流水與離散作業模式的混合
混線生產要求流水與離散兩種模式的混合。流水式生產強調資源集合的邏輯組合及生產節拍離散式生產強調資源的柔性配置。在多品種變批量生產模式轉變過程中，傳統的大批量生產方式需要重視效率，最終體現為流水與離散行業模式的混合。
（3）複雜的製造資源優化配置問題
首先需要解決在job-shop離散製造環境下，具有一定批量的產品生產任務，如何通過製造資源的邏輯組合形成一條虛擬的“短線”或“小流水”生產線。由於當前製造工藝並非面向批產規劃，所有存在工序作業時間不均的現象，還必須同時保證流水生產節拍
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