一、性質不同
1、菩提根不是樹根，而是一種叫做貝葉棕的種子，表面粗糙有花紋，裏面是白色的。經過長時期的盤玩會變成黃褐色。是製作念珠的佳品。菩提根打磨後，遇水會產生酸酸的味道，隨着盤玩包漿，味道會逐漸消失。
2、菩提子（物名）指西藏語之Bodi－ci果，可以作數珠，並非是菩提樹所結的果實，而是草本植物川穀草草籽，校量數珠功德經曰：“若用菩提子為數珠者，或用掏念，或但手持數誦一遍，其福無量。”見數珠條。
二、外型上
1、菩提根是種子，是圓形的，尺寸大，表面粗糙，磨開是潔白的肉。
2、菩提是果核，是三角形的，像蒜瓣一樣，尺寸較小。
三、月眼不同
1、菩提根和菩提成品珠顏色都是潔白如玉，看起來十分相似，菩提根偏米黃，半透明，白玉菩提偏奶白，實心不透明。
2、菩提根是實心、厚實的感覺，菩提根是通透、透亮的感覺。菩提根沒有月眼，而白玉菩提有月眼和月牙，且由於是天然生成，月眼和月牙無規則，和星月菩提一樣。
3、菩提根無月眼有一些菩提根也有月眼，但是人工打上去的，月眼規則，且沒有月牙菩提有月眼月芽，且無規則。
有區別。
1、植物類別不同
菩提根是油棕的果實。
而菩提子則是貝葉棕的樹籽。
2、產地不同
菩提根的產自主要分佈在非洲、馬來西亞、印尼和我國南方。
而菩提子的產地主要是印度、斯里蘭卡等熱帶地區，我國雲南省也有種植。
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