碇源堂沒想過融合亞當。他的計劃將亞當胚胎移到自己手裏,把使徒誘騙過來消滅(而在基地其他人看來,使徒是來找莉莉絲的身體),在所有使徒消滅後,碇源堂把亞當胚胎植入到綾波麗體內,讓綾波麗成為聽他指揮的神。(綾波麗最後將指揮權交給了真嗣)