異染色質的特點是

在細胞週期中，間期、早期或中、晚期，某些染色體或染色體的某些部分的固縮常較其他的染色質早些或晚些，其染色較深或較淺，具有這種固縮特性的染色體稱為異染色質（heterochromatin）。

具有強嗜鹼性，染色深，染色質絲包裝摺疊緊密，與常染色質相比，異染色質是轉錄不活躍部分，為非活性轉錄區，真核生物可以通過異染色質化而關閉基因的表達。多在晚S期複製。