1、地理位置不同:太倉站位於江蘇省太倉市蘇州東路,地跨新塘和陸渡,大部分在新塘張橋村境內。而太倉南站地處太倉市新城區南星路。
2、功能不同:太倉站服務滬通鐵路、蘇南沿江鐵路兩條鐵路線,在地理位置上居太倉市中心。而太倉南站僅服務於滬通鐵路,離主城區5公里左右。
3、車次不同:太倉站一共有80班車次,而太倉南站僅有13班車次。