兩者的區別就在於對它們的思想動態不一樣。莫名其妙：是一個人對某些事物沒有找出答案，心裏在想這是怎麼回事，比如我在河邊的小道上散步，發現一隻蝴蝶一直莫名其妙地跟着我匪夷所思：是什麼事物的反常讓人想不明白，而動了腦筋，比如：老師今天在課堂上批評了我，令我匪夷所思的是還給我插上了一面小紅旗。
第一呢就是某一天某一個人到你跟前。破口大罵你這也不是，那也不是，你也不知道是什麼事兒。莫名其妙的被別人臭罵一頓，第二呢，鄰居昨天才和你吵了一架，今天又端一盆紅燒肉來你家。你想也想不通，這就叫匪夷所思吧，這就是兩種區別的現象。
莫名其妙，有時候事情的發展，情節之間不連貫。發展不合理。
匪夷所思，偏指事情的後續偏離正常軌道，多用於貶義
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