自然人扣繳客户端修改密碼流程:首先公司的法定代表人在手機應用軟件下載個人所得税APP,以自己信息註冊並登錄,右下角點擊個人中心,找到企業辦税權限欄目,點擊辦税權限,輸入要設置的密碼即可。隨後在電腦上自然人扣繳客户端就可以登錄了。