區別有以下幾點：
1、09版沒有新自序沒有新後記
與93版時洋洋灑灑寫下上萬字的自序和後記不同，作者賈平凹沒有為09版再多寫一個字。
2、09版序言有李敬澤、陳曉明、謝有順三人代序，93版則只有賈平凹寫。
3、09版《廢都》並非以單行本的方式問世，而是與《秦腔》《浮躁》這兩本賈平凹的代表作品一起，成套出版，被稱為“賈平凹三部”。
4、封面不同。與93版中間為一團揉皺的白紙，整體為灰藍的漸變色封面相比，09版《廢都》封面更為豔麗，卻也更簡潔
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