巴拿馬地近赤道,屬熱帶海洋性氣候。東部和中北部地區因受東北季風的影響,氣候高温潮濕西部和西南部地區面臨太平洋,降雨量多,濕度亦高。大西洋沿岸及山地年平均降雨量為1500~3500毫米,太平洋沿岸及山地年平均降水量為1500~2000毫米。全國年平均濕度為80%。一年之中大致可分為旱、雨兩季:旱季是1~3月,雨量相對少雨季是4~12月,常有傾盆大雨。沿海地區年平均氣温27℃。