深化醫療改革實施意見包括6個部分20餘項具體任務。主要內容可以概括為以下幾個方面：
一是明確提出了兩個階段性的改革發展目標。即：到2025年基本建立起更加完善的醫療保障制度、基金監管制度體系、醫藥服務供給機制和醫療保障公共服務體系到2030年全面建成以基本醫療保險為主體，醫療救助為託底，補充醫療保險、長期護理保險、商業健康保險、慈善捐贈、醫療互助協同發展的醫療保障制度體系，實現更好保障病有所醫的目標。
二是加快建立多層次醫療保障體系。明確提出健全完善基本醫療保險制度、大病保險制度、醫療救助制度創新長期護理保險制度，實現職工和居民長期護理保險全覆蓋完善職工大額醫療費用補助、公務員醫療補助管理辦法，加強對企業補充醫療保險規範管理，鼓勵社會慈善捐贈，支持醫療互助有序發展，發展商業健康保險、商業醫療保險，做好與基本醫療保險銜接。實施醫療保障待遇清單制度，加快推動基本醫療保險省級統籌。
三是進一步提升醫療保障待遇水平。明確提出提高住院費用報銷比例建立門診共濟保障機制，提高普通門診和門診慢特病保障能力，將肺結核、慢性病毒性肝炎等更多門診花費較大的慢特病納入醫保支付，到2025年居民普通門診報銷額度提高50%左右，門診慢特病醫保支付比例不低於65%。提高大病保障能力，穩步提高職工和居民大病保險待遇水平，將戈謝病、龐貝氏病、法佈雷病等罕見病用特效藥納入大病保險保障範圍。完善重點救助對象參保繳費補助政策，提高年度醫療救助限額。
四是協同推進醫藥服務供給側改革。明確提出增強醫藥服務的可及性，提高護理、兒科、老年科、精神科等緊缺專業醫療服務水平。優化醫療資源佈局，支持大型公立醫療機構在縣鄉建設分支機構，支持優質仿製藥研發和使用，促進仿製藥替代，健全短缺藥品監測預警和分級應對機制。深化醫保支付方式改革，全面建立普通住院按疾病診斷相關分組付費或按病種分值付費、長期住院按牀日付費、門診慢性病按人頭付費的多元複合式醫保支付方式。深化藥品、醫用耗材分級分類集中帶量採購制度改革，建立全省統一的藥械結算監管平台，設立省市兩級結算中心，全面推行醫保基金與醫藥企業直接結算。建立醫療服務價格動態調整機制。
五是健全完善醫保基金監管體系。明確提出出台《山東省醫療保障基金監督管理辦法》，健全醫保基金監管執法體系，加強醫藥價格監測和執法稽核人員力量。建立定點醫藥機構、醫藥企業、醫保醫師藥師、參保人員信用體系。建立全省統一的醫保智能監控系統，實現事前、事中、事後全鏈條監管。建立信息強制披露制度，依法依規公開定點醫藥機構醫藥費用、藥品耗材採購價格、醫療服務價格、人均住院天數、次均住院費用、違規失信等信息。建立健全執法案件線索向紀檢監察機關和司法機關移送制度，強化基金使用的監督考核與執紀問責。健全打擊欺詐騙保行刑銜接機制。
六是加快完善醫療保障公共管理服務體系。明確提出探索推進市以下醫療保障部門垂直管理，建立全省統一的醫保經辦管理服務體系，強化各級醫保經辦機構人員配置。依託基層便民服務中心、黨羣服務中心及醫療機構等搭建醫保便民服務平台。加強醫療機構醫保管理服務體系和制度建設。建立全省統一的醫保信息平台，實現居民基本醫保參保登記、異地就醫自助備案等高頻服務事項“跨省通辦”，全面開展普通門診省內及跨省聯網直接結算，實現職工醫保個人賬户省內“一卡通行”。創新“互聯網+醫保+醫療+醫藥”服務，推動山東省互聯網醫保大健康服務平台建設發展，促進醫保、醫療、醫藥線上線下融合發展。
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