根據目前昆明市城市規劃實際和昆明市火車站建設佈局與功能定位，昆明站和昆明南站的區別主要為：
一是它們的位置不同。
昆明南站位於昆明市區以南的呈貢區，並未在昆明城區內。而昆明站位於昆明城區之中，交通條件較為發達方便。
二是功能等位不同。
昆明南站是近些年剛剛竣工投入使用的高鐵客運站，不通過貨運火車。而昆明站作為昆明市的一個老火車站，除了停靠高鐵動車組意外，還停靠傳統的普通列車。
1、車站地址不同。
昆明南站位於昆明市呈貢區吳家營街道白龍潭山腳之西。
昆明站位於昆明市官渡區北京路1號。
2、車站規模不同。
昆明南站總建築面積為33.47萬平方米，站台規模16台30線。
昆明站總建築面積25000平方米，站台規模9台14線。
3、主要線路不同。
昆明南站主要運送線路為滬昆高速鐵路，南昆高速鐵路，昆玉城際鐵路。
昆明站主要運輸線路為滬昆鐵路，成昆鐵路，南昆鐵路。
昆明站是老火車站，昆明南站是高鐵站，昆明南站可以坐地鐵到昆明各個市區，南站在呈貢新區，昆明站在北京路上，在市區
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