溪吻蝦虎體長為40～60毫米，約10～15克左右。
體延長，前部近圓筒形，後部側扁背緣淺弧形隆起，腹緣稍平直尾柄較長，其長大於體高。頭中大，稍平扁，頭寬等於或稍大於頭高。頭部具5個感覺管孔。頰部稍凸出，具3縱行感覺乳突線。吻短而圓鈍，吻長為眼徑的1.2～1.8倍。
溪吻蝦虎魚是典型的淡水蝦虎種類，最大體長不超過5cm，是小型的蝦虎種類，雖然個頭小，但是外表還是霸氣十足，經常會張着嘴仰天長嘯，以此來示威
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