主要優點:分辨率高,可用來觀察組織和細胞內部的超微結構以及微生物和生物大分子的全貌。
缺點:
1、在電子顯微鏡中樣本必須在真空中觀察,因此無法觀察活樣本,隨着技術的進步,環境掃描電鏡將逐漸實現直接對活樣本的觀察
2、在處理樣本時可能會產生樣本本來沒有的結構,這加劇了此後分析圖像的難度
3、由於電子散射能力極強,容易發生二次繞射等
4、由於為三維物體的二維平面投影像,有時像不唯一
5、由於透無線電子顯微鏡只能觀察非常薄的樣本,而有可能物質表面的結構與物質內部的結構不同
6、超薄樣品(100納米以下),制樣過程複雜、困難,制樣有損傷
7、電子束可能通過碰撞和加熱破壞樣本
8、此外電子顯微鏡購買和維護的價格都比較高。