萬昌温泉屬天然温泉，地處長白山脈，大黑山與張廣才嶺盆地，是火山噴發使第三系—古生代地層和侵入巖石構造裂縫發育形成了深循環地下通道，在高温高壓環境下與圍巖的物理化學作用，導致富含硅酸鹽酸性花崗巖和鹼性巖石及其他多種礦物質的溶解，使該温泉水富集了二氧化硅、鍶、鋰、鉬、氫、鎂、氟等多種人體需要的微量元素。
該温泉水位於地下1300—2170米之間，單層水厚度4—19.6米，均屬自噴型地熱資源
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