1、滇池：位於昆明市區南部，被譽為“高原明珠”，是中國西南地區最大湖泊、中國第六大淡水湖。湖泊面積311.388k㎡，流域面積2920k㎡。
2、洱海：是雲南省第二大高原湖泊，位於大理市區北部，湖泊面積252.91k㎡，流域面積2565k㎡。
3、撫仙湖：是中國第二深水湖泊，是雲南省蓄水量最大的湖泊，位於玉溪市澄江縣、江川縣、華寧縣三縣交界處。湖面海拔1722.5m，面積216.6k㎡，流域面積674.69k㎡。
4、程海：是一個內陸封閉型高原深水湖泊，沒有出流，位於永勝縣西南部，流域面積318.3k㎡，湖泊面積77.2k㎡。
5、瀘沽湖：位於雲南省西北部和四川省西南部的兩省交界處，是中國第三大深水湖泊。湖面面積50.8k㎡，其中雲南境內30.3k㎡。
6、杞麓湖：是一個封閉型高原湖泊，湖泊面積35.9平方公里，流域面積354.2平方公里，最大水深6.8米，平均水深4米，蓄水量1.7億立方米。
7、星雲湖：是撫仙湖的上游湖泊，通過2.2公里的隔河與撫仙湖相聯。湖泊面積34.7平方公里，流域面積386平方公里，平均水深5.91米，最大水深9.5米，蓄水量1.84億立方米。
8、陽宗海：湖泊面積31.9平方公里，平均水深20米，最大水深29.7米，流域面積192 平方公里，蓄水量6.04億立方米，多年平均水資源量3500萬立方米。
9、異龍湖：位於石屏縣東南部，湖泊面積31k㎡，流域面積360.4k㎡，平均水深約5m，最大水深6.55m，蓄水量1.145億。異龍湖流域主要包括石屏縣的5個鄉鎮。
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