翼手目可以分為兩個亞目:大蝙蝠亞目和小蝙蝠亞目。前者體形較大,多以水果為食,如著名的狐蝙,翼展可達90釐米之巨後者體形遠較前者為小,多以昆蟲為食。
大蝙蝠亞目的種類眼大,主要以花、果實為食物小蝙蝠亞目體型和眼較大蝙蝠亞目小,以昆蟲、血、小動物、果實、花為食。
蝙蝠科是小蝙蝠亞目下的一科,約有300多種。