1、註冊資本不同
想要註冊經營部或公司，那最低註冊資本為3萬元，如果只有一個股東那註冊資本為10萬元。相比之下，商行屬於個人獨資，是不需要註冊資本的。
2、税務的繳納不同
首先註冊為公司。那肯定是公司的業務有一定實力了，在這種情況下，進貨等肯定是要發票。如果登記營業，一個是要繳納相應的税款，另一方面税務局不會上門進行税務稽查。這裏當然希望大家都是好税民，沒有什麼問題，但有由於疏忽而造成的漏税等問題，一旦罰款，那也不是一個小數目。
其次如果業務量不大，註冊商行就好了。因為商行往來是沒有發票。營業税一個最低税，也就是説也要繳納相應的這些税。而且註冊商行的年檢很簡單。如果是註冊公司，税務對就會比較關注，每個月都需要有會計來處理報税，人工費都是開銷並且年檢也是比較嚴格的。
3、對風險的承擔不同
註冊公司被稱為“有限責任公司”的，屬法人企業，有註冊資本和法定代表人。如果企業在經營中虧損甚至破產，企業擁有人必須對所有債務負責，承擔有限責任。公司破產的，可以向法院申請破產保護。比如註冊公司的註冊資本為100萬，而你欠500萬元，由於受到法律保護，只需要賠償100萬就可以了。
商行即“個人獨資企業”，由於個人獨資沒有法人資格和註冊資本，只有一個負責人，所以商行其實和個體户很接近，這樣的企業可以被視為無限公司，它有無限責任。其餘的差別可以參照公司和個體户的區別。
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