普通碩士和專業碩士在以下八方面有不同：
一、培養方向不同
根據我國的有關規定，普通碩士教育以培養教學和科研人才為主，授予學位的類型主要是學術型學位而專業碩士是具有職業背景的碩士學位，為培養特定職業高層次專門人才而設置。
二、招生條件不同
專業碩士要求報考者有一定年限的工作經歷，而普通碩士則不需要。絕大多數專業碩士還要求在職人員報考需經所在單位或相應管理部門的同意，有的甚至要求所在單位推薦等。
三、招生考試不同
對學生來説，普通碩士的招生考試只有年初的“統考”，而統考以外的專業考試則由各招生單位自行命題、閲卷。專業碩士的招生考試有10 月份的“聯考”和年初的“統考”兩次機會，考生可以自行選擇，而這兩大國家級別的考試的專業考試，也由各招生單位自行命題、閲卷。
四、入學難度不同
全國碩士研究生入學統一考試（統考）完全是嚴進寬出的代表。據統計， 2005 年研究生考試考生人數為117 萬，招生人數只有32 萬，錄取比例為3.7:1。北大、清華、復旦等名牌大學，以及微電子、信息科學、生物醫藥、世界經濟、國際金融等熱門專業，由於報考者眾多，錄取率更低。據瞭解，一些名校熱門專業的錄取比例甚至為70：1。而一些二流學校的冷門專業卻年年招不滿。因此，入學難度取決於考生報考的學校和專業。
專業碩士的招生考試有10 月份的“聯考”和年初的“統考”兩次機會，考生可自行選擇。這兩大國家級別考試的專業考試，是由各招生單位自行命題、閲卷。不同專業的入學難度各不相同，熱門專業相對難一些。例如，2004 年上海復旦、交大、財大三所高校MBA 的錄取比例在6：1 左右2004 年全國法律碩士錄取率則不到10％ 。此外，“聯考”和“統考”的難度也不一樣，由於“統考”考生遠多於“聯考”考生，考試競爭激烈程度自然也大。不過，“聯考”的考試雖容易，但錄取時更看重申請者的工作背景和經驗。
五、學習方式不同
普通碩士： 全日制學習。一般為3 年。
專業碩士：半脱產，學制2－3 年。
六、學習費用不同
普通碩士錄取為國家計劃內（非定向、定向）的碩士生按國家規定享受免學費待遇。錄取為國家計劃外（委託培養、自籌經費）的碩士生須繳納學費，一般為8000 元/年，不同專業有所不同。對於自籌經費生、特困生等考生可通過申請國家助學貸款或者商業貸款緩解學費的壓力。
專業碩士學費按照不同專業類別差別較大。例如，MBA 的學費要十幾甚至幾十萬元，而工程碩士的學費一般為3－4 萬元。專業碩士學位一般不能申請國家助學貸款。
七、文憑頒發不同
與普通碩士不同，大多數專業碩士只授予學位證書，沒有學歷證書。但也有例外，例如工商管理碩士、法律碩士、臨牀醫學碩士、建築學碩士等，就同時頒發學位和學歷證書。大體來看，“統考”生拿“雙證”，“聯考”生拿“單證”。
八、認可度不同
品位站
