濟寧新運河第一期工程從1958年5月1日開工。主要任務是建設引黃閘輸河渠、沉沙池堤防和大店子出水閘、第二、第三、第四乾渠及部分下級渠道主要配套建築。
第二期工程從1958年11月開工。主要任務是興建位山攔河閘、東平湖水庫陳山口出湖閘、第五乾渠和第二、三、四乾渠尾工。
第三期工程從1959年10月15日開工,實施黃河截流、開挖第一、第六乾渠、位臨運河、班滑運河及部分下級渠道主要配套建築,以及劉集沉沙渠2條,平原水庫3處。於當年12月9日下午5時30分合攏。