玷污層主要是由有機物和無機物構成，包括牙本質碎屑、成牙本質細胞突起的斷端、細菌、壞死組織。
根備中，玷污層沒有完全去淨，玷污層、菌落的存在會阻礙藥物向根管系統和牙本質小管內的滲透，使根充材料對根管壁的適應性降低，增加根充後微滲漏的風險。
玷污層是在切削牙體組織時所產生的熱使有機質變性，變性的有機質和切削下來的牙質粉末與牙本質小管溢出液，唾液和細菌等摻和，在鑽磨壓力作用下使之貼附於洞壁形成的
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