在大結局裏有許許多多的疑點，看到這些疑點的時候，初始很不明白，但是後來想想估計就是這樣。
1、首先至尊寶是孫悟空的轉世，六耳則是樣子和孫悟空一模一樣（電視劇為了區分所以樣子並不一樣）。當時孫悟空觸犯天條被天庭的人抓走後，本來打算直接派孫悟空護送唐僧去取經。然而玉帝把天書寫錯了，寫成了孫悟空要死。幸虧在神話世界死是一件很正常的事情，還可以補救。只要把孫悟空的靈魂直接抽出來，丟進地府轉世成至尊寶。身體放進金剛圈裏保留，讓早已經觸犯天條的六耳變成孫悟空的樣子頂替取經，所以剛開始你會發現六耳真的很弱，因為這是他自己的身體。
2、在大話西遊裏有兩條時間線，第一條是沒有至尊寶的500年前，第二條是有至尊寶的500年前。至尊寶就降生在第一條時間線裏，而且這一條時間線是玉帝故意用月光寶盒弄出來的。在孫悟空轉世成至尊寶後，玉帝帶着至尊寶來到500年後，讓他在這裏遇上白晶晶，拿到月光寶盒，因白晶晶之死，不斷重複使用月光寶盒讓玉帝找到機會暗中施法，使時空穿梭出現偏差，去到第二條時間線，500年前。
3、在第一條時間線裏，由於沒有至尊寶的存在。唐僧為了六耳一命還一命死了，轉世為朱八和三十孃的孩子。牛魔王依舊要吃唐僧，但是找不到唐僧，所以抓了唐僧的徒弟。最後唐僧的徒弟也死了，分別轉世成了二當家和三當家。由於牛魔王懼怕觀音沒參加六耳與觀音的大戰，所以不知道六耳被抓上天庭，唐僧已死。而是認為六耳想要獨享唐僧，所以在500年後，聽到消息，知道孫悟空在盤絲洞，就過來找麻煩了。第二條時間線就是我們在電視劇裏看到的。
4、在最後大結局的時候，白晶晶認為至尊寶最愛的女人不是她後，逃婚了。春三十娘上門找麻煩，在殺死了葡萄等人後，在至尊寶的要求下，快速的一件刺死了至尊寶。所以當他帶上金剛圈的時候，他就已經是個靈魂體了，所以能夠輕而易舉的接收孫悟空的身體，怎麼證明他當時是靈魂體呢？當時他在跟觀音對話時，已經死掉的葡萄來到他的旁邊，試問一個普通人怎麼能看到一個還不算是鬼的靈魂呢？何況剛死的人，也不會有顯形的能力吧。而且，當時他是這麼跟葡萄説的，你們先去投胎吧，我在這還有點事沒做完，也就是説，假若沒有這事發生的話，他也會和葡萄一起去投胎。
4、為什麼青霞聽到紫霞要死的時候那麼激動，神仙，就算肉體死了，靈魂也不會死，還可以轉世重修。首先在神話世界裏，太陽不止是太陽，太陽裏有太陽真火，太陽真火擁有着抹殺靈魂的功效。所以青霞不能接受。六耳又願意補償青霞，所以青霞就和六耳合謀，青霞替紫霞去死，六耳替至尊寶去取經。
6、青霞去替紫霞死，六耳去上了孫悟空的身體。有人説元神轉換哪有那麼簡單，事實就非常簡單，孫悟空的元神被抓去投胎的時候，佛祖肯定有幫忙，佛祖的實力肯定比孫悟空的實力高，抽取元神就很簡單了。至於六耳和至尊寶轉換元神的時候更簡單，要知道，這身體是孫悟空的，不是至尊寶的，雖然至尊寶是孫悟空的轉世，但是對於至尊寶來説，這孫悟空就是一個陌生的身體，畢竟至尊寶歸根結底只是轉世而已，並不是孫悟空。六耳再怎麼弱，那也是六耳，怎麼滴也比一個凡人強吧，要擠出一個凡人的靈魂，沒有比這更加簡單的了。
7、在最後城牆上那幕，至尊寶已經不是至尊寶了，紫霞也不在是紫霞了。因為他們已經再次轉世了，怎麼回事呢？當時六耳拿出月光寶盒之後，島上的居民包括至尊寶，紫霞都被月光寶盒吸走了。除了當事人之外，其他穿越者全都會丟失記憶。至尊寶被擠出身體後，只是一個靈魂，被吸走後，當然去投胎了。紫霞呢？紫霞早已説過，她和青霞被牛魔王封印了法力，雖然還能用，卻很弱。當時紫霞被封印了法力後本來就是虛弱狀態，還被牛魔王一刀刺中。在加上穿越前環境也不好，穿越後重傷不治身亡很正常。並且穿越的時候，除了當事人之外，其他人有概率，穿越的不是同一個時間。而且除了當事人之外，其他人並不會保存記憶。
8、就好像唐僧四徒除了孫悟空之外，他們穿越的時間要早很多，沒發現唐僧的囉嗦都改了嗎。所以至尊寶和紫霞並不認識，但是還是因為緣分走到了一起，所以最後紫霞和至尊寶看到六耳後，並沒有認出唐僧四徒。因為六耳使用月光寶盒，所以連帶牛魔王，也一起穿越了。妖族沒有了牛魔王這個大佬，所以妖族逐漸沒了。
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