TBP是一種通用轉錄因子,而TAFs則具有聚合酶和啟動子特異性,起輔助轉錄激活因子的作用。
在轉錄起始過程中,前者在種屬間高度保守的C端獨特結構可直接識別TATA元件,或通過TAFs與DNA結合而後者有的作為TBP結合DNA的媒介,有的作為轉錄起始複合物組裝時其他TAFs與TBP相互作用的橋樑,有的則作為轉錄激活蛋白與TBP聯繫的紐帶,介導轉錄激活蛋白對基因轉錄的激活作用。