主要區別是，性質不同、科目分類不同、形態特徵不同、分佈區域不同，具體如下：
一、性質不同
1、本蟲
本蟲指水蚤，是一種小型的甲殼動物。稱魚蟲。
2、赤蟲
赤蟲指孑孓，蚊子的幼蟲，是蚊子由卵成長至蛹的中間階段。據史料記載《爾雅·釋魚》“蜎，環”晉郭璞注：“井中小蛣蟩赤蟲，名孑孓。”
二、科目分類不同
1、本蟲
屬於節肢動物門、甲殼綱、枝角目。
2、赤蟲
屬於節肢動物門、昆蟲綱、雙翅目。
三、形態特徵不同
1、本蟲
體小，呈卵圓形，左右側扁，長僅1～3毫米。體外具有2片殼瓣，背面相聯處有脊稜。後端延伸而成長的尖刺（殼刺）。頭部伸出殼外，吻明顯，較尖。複眼大而明顯，可不斷轉動。
2、赤蟲
由蚊卵在水中孵化而成，身體細長，相對頭部或腹部而言，胸部較為寬大，游泳時身體一屈一伸，呈深褐色，在水中上下垂直遊動。
四、分佈區域不同
1、本蟲
分佈區域：淡水水域，少數在海水中。
2、赤蟲
分佈區域：分佈於臭水、沉積水、死水中。
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