違法。財務部經理利用職務上的便利條件挪走公司39萬元,有將本單位財物想非法佔為己有的故意,數額在五千元至一萬元以上的,都應立案追訴,更何況是鉅款39萬元。公司一旦發現這種情況應立即去經偵報案查處,以保公司財物不受損失。綜上所述財務部經理挪走公司39萬是違法的。