預選賽制度
1930年第1屆世界盃在烏拉圭舉行，一些歐洲球隊不願遠渡重洋前來，因此一共只有13支球隊參賽。1934年，第2屆世界盃賽在意大利舉行，參賽隊增加到31個，首次採用預選賽辦法，篩選出16支進入決賽圈。而決賽圈的賽制，也經歷了單敗淘汰制、小組賽和循環賽結合制，直到現在的小組賽和淘汰賽結合制。
紅黃牌制度
在紅黃牌問世之前，裁判員欲對隊員實行警告或罰出場時，只能用語言或手勢來表示，容易產生誤解和矛盾。
在1970年墨西哥第9屆世界盃上，裁判開始使用紅黃牌，球員立刻變得規矩起來。蘇聯球員洛夫切夫成為第一個吃黃牌的選手。4年後在聯邦德國世界盃上，智利隊的卡斯澤裏領到了足球史上的第一張紅牌。自此以後，紅黃牌制度被各國足協紛紛仿效，沿用至今。
換人制度
足球比賽最初並沒有換人制度。上世紀五六十年代，野蠻足球橫行，暴力犯規、故意廢人的動作層出不窮。1966年世界盃巴西對葡萄牙，貝利被鏟成重傷，由於當時沒有換人制度，球王只能纏着繃帶一瘸一拐地堅持踢完。
1970年世界盃，國際足協啟用了換人制度，首次允許球隊可在比賽中替換2名球員。在蘇聯4比1擊敗比利時的比賽中，世界盃史上的第一次換人出現。到1998年世界盃上，換人名額增加到3人。本屆俄羅斯世界盃，允許在加時賽中使用第4個換人名額。
點球大戰
在點球大戰之前，如果兩支球隊在淘汰賽打成平局，通常會進行重賽，甚至拋硬幣、抽籤來決定勝負。
1978年阿根廷世界盃上，點球大戰制度正式啟用，不過那一屆中點球大戰並沒派上用場。直到1982年西班牙世界盃半決賽，聯邦德國和法國在120分鐘內3比3打平後，世界盃才首次上演點球決勝，德國隊勝出。
此後，重大賽事的點球大戰，成為最驚險刺激的環節。不過，點球大戰可能也並非最完美的規則，其發明者德國前裁判瓦爾德就説:“點球大戰總有它退役的一天，會有更合理的規則取代它。”
新越位規則
從第1屆世界盃開始，就有越位規則，但當時是“平行也算越位”。也就是説，進攻球員如果與倒數第二名防守球員站位平行，也算越位。此外，處於越位位置的球員，即便完全沒有參與到進攻之中，其隊友的進球也算無效。
直到1990年世界盃，國際足協推翻了“平行也算越位”“只要有人越位，進球就無效”這兩大規則，大力推動攻勢足球。
贏球3分制
世界盃原來實行的是2分制，即贏一場得2分，平一場是1分，輸球0分。這導致許多球隊為了得到保平的1分，戰術安排得特別保守，嚴重影響足球的觀賞性。從1998年開始，世界盃實行3分制，贏一場得3分，平一場得1分，輸球0分，以鼓勵球隊進攻。
擴軍32強
在世界盃歷史上，參與決賽圈的球隊一直在不斷擴軍。第1屆僅有13支隊伍，第2屆至第11屆均為16支，第12屆至第15屆增加至24支。
1998年，在法國舉行的第16屆世界盃，參賽隊伍首次擴軍到32支隊伍。32隊能更大限度地擴大世界盃的影響，同時又能保證比賽的高水平，並且十分有利於賽程的科學安排，受到一致認可，沿用至今。不過，國際足協主席因凡蒂諾最近稱，不排除2022年世界盃擴軍至48隊的可能性。
金球制
在淘汰賽的加時賽中，只要有一方進球，比賽就即時結束。這被稱作“金球決勝”，也叫“突然死亡法”，1996年歐洲盃上就已推出，世界盃則是在1998年首次實行。在法國對巴拉圭的1/8決賽第113分鐘，布蘭克打進了世界盃史上第一個金球，法國淘汰巴拉圭晉級。
2002年世界盃，又出現了幾個金球。但這種規則越來越受到質疑，因為對失敗方來説它顯得過於殘酷，同時可能束縛雙方球員的發揮。2004年，國際足協宣佈金球製取消，加時賽需打滿30分鐘。
門線技術
2010年世界盃1/8決賽英德之戰，英格蘭隊蘭帕德遠射擊中門楣後，被德國門將從門內約60釐米處撈出，裁判判此球沒進。這成為世界盃史上最大的冤案。
從2014年開始，門線技術引入世界盃。每個球門各有7台攝像機從各個角度監控，畫面由電腦分析後直接傳遞給裁判，以避免此類誤判的發生。
視頻助理裁判
為了更好地幫助裁判團隊執法，VAR(視頻助理裁判)技術首次出現在世界盃賽場上。一旦比賽中出現進球前犯規、疑似點球等爭議情況，主裁判可以通過監控錄像回看，以作出準確判罰。2018年6月16日法國和澳大利亞的比賽，烏拉圭主裁判庫尼亞通過VAR修正執法，判給法國一個點球，這是VAR首次在世界盃發揮作用。
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