奧特曼格鬥進化3一共有20個劇情。分別是:
第1關：《哥爾讚的逆襲》
第2關：《影的繼承者》
第3關：《黑暗的支配者》
第4關：《再見了，奧特曼 》
第5關：《怪獸殿下》
第6關：《移動要塞不能上浮》
第7關：《死鬥！戴拿VS戴拿》
第8關：《奧特警備隊向西出發》
第9關：《兩大怪獸襲擊東京》
第10關：《死刑！奧特五兄弟》
第11關：《超越奧特六兄弟》
第12關：《大沉沒！日本列島的最後之日》
第13關：《MAC全滅！圓盤是生物》
第14關：《嘲笑之眼》
第15關：《決戰之日》
第16關：《高斯VS傑斯提斯 最終對決》
第17關：《世界十大據點同時侵略指令》
第18關：《怪獸標本 》
第19關：《恐怖的雷德王復活宣言》
第20關：《激鬥！愛迪VS賽文》
奧特曼格鬥進化三有30個劇情，也就是其中一個是迪迦奧特曼和初代奧特曼一起合力對抗，所以説你要選初代奧特曼，還是迪迦奧特曼，你自己選擇
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