哈爾濱工程大學源自1953年創辦的中國人民解放軍軍事工程學院(哈軍工)1970年,在哈軍工原址以海軍工程系為主體組建哈爾濱船舶工程學院1981年成為首批具有博士、碩士學位授予權單位1994年,更名為哈爾濱工程大學。
王牌專業有船舶與海洋工程、能源與動力工程、輪機工程、自動化、水聲工程、計算機科學與技術、機械設計製造及其自動化、電子信息工程、工商管理、核工程與核技術、光電信息科學與工程等。
國家級一流本科專業建設點名單:船舶與海洋工程、能源與動力工程、輪機工程、自動化、水聲工程、計算機科學與技術、機械設計製造及其自動化、電子信息工程、工商管理、核工程與核技術、光電信息科學與工程。
教育部專業綜合改革試點專業:船舶與海洋工程、測控技術與儀器、電子信息工程、核化工與核燃料工程。