在使用過濾棉的時候，需要注意放置的順序問題。過濾層包含比較多的種類，比如、陶瓷環等等。在具體放置的時候，它們的位置是不同的，可以根據以下的步驟來放置它。
方法/步驟
1/5分步閲讀、最上層：最普通的物理過濾棉最好放在最上層。它們是用來過濾魚缸中一些比較大的雜質。建議這種過濾棉放置兩次，這樣清洗的時候可以循環清洗，或者分開清洗，在清洗一層的時候另一層還可以使用。不過上面同樣會帶有一些硝化細菌，清洗的過程中需要稍微注意。
2/5、生化棉：在下面一層可以放置生化棉，它們一般來説不會特別髒，因此也不用經常清洗。
3/5、陶瓷環：陶瓷環可以放置在第三層。可以多放一些，它們改善水質的作用還是比較大，可以讓它們佔整個水體的3%-5%。
4/5、活性炭：還有一類比較特殊的就是活性炭。這種並不是必須使用的，若是水中出現腥味和臭味則可以考慮使用，其它情況下不使用也是可以的
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5、在使用過濾棉的時候，需要將它們放置在濾盒之中。若是濾盒之間每一層是隔斷的，那麼先放置哪一層都行。若是濾盒之間每一層並不隔斷，那麼可以從最下面的一層開始放置。
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