牧神記小説中南帝最後的結局是死在了不死天皇的手中。
牧神記小説中南帝在仙界開啟聖戰的時候被昊天神帝派往北澤長城抵擋不死神教的進攻,隨後南帝在北澤長城遇到了不死天皇的進攻,兩人在大戰三百回合後南帝不敵不死天皇最終死在了不死天皇的手中。