食品微生物檢測的檢測流程主要分為採集樣品、樣品送檢、樣品處理、檢驗、結果報告五項。
1、採集樣品
採樣前要了解所採樣品的來源、加工、儲藏、包裝、運輸等情況，採樣時須做到：使用的器械和容器需經滅菌，嚴格進行無菌操作不得加防腐劑液體樣品應攪拌均勻後才去採樣，固體樣品應在不同部位採取以使樣品具代表性取樣後及時送檢。
2、樣品送檢
採集好的樣品應及時送到食品微生物檢驗室，一般不應超過3h，如果路程較遠，可將不需冷凍的樣品保持在1～5℃的環境中，勿使凍結，以免細菌遭受破壞。樣品送檢時，須認真填寫申請單，以供檢驗人員參考。檢驗人員接到送檢單後，應立即登記，填寫序號，並按檢驗要求，立即將樣品放在冰箱或冰盒中，並積極準備條件進行檢驗。
3、樣品處理
樣品處理應在無菌室內進行，若是冷凍樣品必須事先在原容器中解凍，解凍温度為2～5℃不超過18h或45℃不超過15min。
a.固體樣品
用無菌刀、剪或鑷子稱取不同部位的樣品，剪碎放入滅菌容器內，加一定量的水混勻，製成1: 10混懸液，進行檢驗。在處理蛋製品時，加入約30個玻璃球，以便震盪均勻。生肉及內臟，先進行表面消毒，再剪去表面樣品，採集深層樣品。
b.液體樣品
原包裝樣品用點燃的酒精棉球消毒瓶口，再用經石炭酸或來蘇兒消毒液消過毒的紗布將瓶口蓋住，用經火焰消毒的開關器開啟。搖勻後用無菌吸管吸取含有二氧化碳的液體食品，按上述方法開啟瓶蓋後，將樣品倒入無菌磨口瓶中，蓋上消毒紗布，將蓋開一小縫，輕輕搖動，使氣體逸出後進行檢驗將冷凍食品放入無菌容器內，融化後檢驗。
4、檢驗
每種指標都有一種或幾種檢驗方法，可根據不同的食品、不同目的來選擇恰當的檢驗方法。通常所用的常規檢驗方法為現行國家標準，或國際標準，(如FAO標準、WHO標準等)，或食品進口國的標準(如美國FDA標準、日本厚生省標準、歐共體標準等)。
食品衞生微生物檢驗室接到檢驗申請單，應立即登記，填寫試驗序號，並按檢驗要求立即將樣品放在冰箱或冰盒中，積極準備條件進行檢驗。
一般陽性樣品發出後3d(特殊情況可適當延長)方能處理樣品進口食品的陽性樣品，需保存6個月方能處理。陰性樣品可及時處理。
5、結果報告
樣品檢驗完畢後，檢驗人員應及時填寫報告單，簽名後送主管人核實簽字，加蓋單位印章，以示生效，並立即交給食品衞生監督人員處理。
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