(⼀)申報階段
排污者必須在每年1⽉15⽇前向環境監察機構申報正常作業條件下的排污情況，按要求填報《排污申報登記表》，並提供必要的資料。
新建、擴建、改建項⽬，應當在項⽬試⽣產前3個⽉內辦理排污申報⼿續。在城市市區範圍內，建築施⼯過程中使⽤機械設備，可能產⽣環境噪聲污染的，施⼯單位必須在⼯程開⼯15⽇前辦理排污申報⼿續。
排污者申報、登記後，當排污者排放污染物需作改變或者發⽣污染事故等造成污染物排放經濟變化的，必須分別在改變3⽇前或變化後3⽇內填報《排污申報變更登記表》，説明變更原因，履⾏變更申報⼿續。
(⼆)審核階段
環境監察機構應當按照國家規定強制檢定的污染物排放⾃動監控儀器數據、監督性監測數據或物料衡算數據對排污者填報的《排污申報登記表》進⾏審核。經審核，符合規定要求的，環境監察機構向排污者發放經審核同意的《排污申報登記表》不符合規定要求的，責令排污者限期補報逾期未報的，視為拒報。
(三)排污量的核定
環境監察機構應在每⽉或每季度終了後10⽇內，依據《排污申報登記表》，結合當⽉或當季的實際排污情況，核定排污者排放污染物的種類、數量，並向排污者送達《排污核定通知書》。排污者對核定結果有異議的，⾃接到《排污核定通知書》之⽇起7⽇內，向發出通知的環境監察機構申請複核環境監察機構應當⾃接到複核申請之⽇起10⽇內作出複核決定，並將《排污量申報登記複核通知書》送達排污者。
(四)徵收排污費
1、排污費按⽉或按季度徵收。
2、環境監察機構根據排污量申報登記核定結果和排污費徵收標準計算確定排污費，並將排污者的名稱、收費時段和收費數額予以公告。
3、排污費數額經環境監察機構確定、複核後，由環境監察機構向排污者送達《排污費繳納通知單》。
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