由於甲硫醇屬於硫醇有機物中相對分子質量最小的， 非常活潑， 易與其它物質反應構成含硫物質，是合成農藥、醫藥、食品和合成材料等主要原料。因而甲硫醇的用途較為廣泛。
1、農藥方面
在農藥方面， 甲硫醇是合成除草劑西草淨、殺蟲劑滅多威、倍硫磷等的重要中間體。
1、1 倍硫磷
倍硫磷是對人、畜低毒的有機磷殺蟲劑， 對多種害蟲有效， 主要起觸殺和胃毒作用， 殘效期長， 主要用於大豆食心蟲、棉花害蟲、果樹害蟲、蔬菜和水稻害蟲， 用於防治蚊、蠅、臭蟲、蟑螂也有良好效果。甲硫醇被過氧化氫氧化生成二甲基二硫， 再與間甲酚作用生成對甲硫基間甲酚， 在NaOH作用下， 與 O，O- 二甲基硫代磷酰氯反應得到倍硫磷。
1、2 西草淨
西草淨是一種選擇性內吸傳導型除草劑， 主要用於稻田防除稗草、牛毛草、眼子菜、澤瀉、野慈菇、母草、小慈草等， 它與殺草丹、丁草胺混用， 可擴大其殺譜
也可用於玉米、大豆、花生、棉花等。西草淨是由甲硫醇提供甲硫基與乙胺、三聚氯氰在氫氧化鈉作用下合成而成。
1、3 滅多威
滅多威為一種內吸性具有觸殺、胃毒作用的廣譜殺蟲劑， 適用於棉花、煙草、果樹、蔬菜防治蚜蟲、蛾、地老虎等害蟲， 是目前防治抗藥性棉蚜良好的替代品種。在滅多威的合成中使用甲硫醇主要是提供甲硫基，形成含硫殺蟲劑。另外，甲硫醇還可作為合成克線磷、涕滅威等農藥的中間體。
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