外寄使用高錳酸鉀溶液進行檢疫。內寄使用甲硝唑進行檢疫。
有些錦鯉外表看起來十分健康,它或多或少也會有一些病原體。通常飼養者會選用20ppm濃度的高錳酸鉀消毒溶液,對魚體進行藥浴消毒,一般藥浴時間為2—3分鐘。通過高錳酸鉀消毒,可以有效的殺滅魚體表面和腮部攜帶的細菌,控制有害菌體或是病體進入隔離缸。如果在這期間發現部分錦鯉的某些部位出現明顯的受傷情況,應積極處理,如塗抹藥物,注射抗生素等。