龜馱碑的故事起源於陳宣帝年間,當時北方為北周,北周武帝滅佛時,齊地海曲慧聞禪師被迫從海上南下,遇到大風浪,船沉海底。這時有一隻神龜將慧聞等人駝到江寧(現在的南京)。
慧聞向神龜道謝時,神龜説:"師父不認識我了,我就是海曲(今日照)石樑溪放生池裏的老龜。
這時慧聞才恍然大悟。原來慧聞在海曲曾買下石樑溪作為放生池。
後來慧聞將這個故事講給陳宣帝聽,陳宣帝很感動,就下詔建報恩寺,併為此立碑。
石碑由龜揹負,既是對神龜報恩的詮釋,也取其天長地久之意。